Wat is een gezond microbioom?

02 Aug, 2023

Door Dennis Zeilstra

Vaak denkt men dat bij een fecesanalyse gekeken wordt welke micro-organismen in te lage aantallen aanwezig zijn ten opzichte van een gezond microbioom, en dat die vervolgens gesuppleerd moeten worden. Het is zelfs een uitgangspunt bij de ontwikkeling van sommige zogenaamde Live Biotherapeutic Products: levende micro-organismen die als medicijn in plaats van voedingssupplement (probiotica) ontwikkeld worden. Deze vergelijking met een gezonde referentie voert terug naar dezelfde vraag: wat is een gezond microbioom? Simpel: dat weten we niet.

Er zijn verschillende redenen waarom we niet weten wat een gezond microbioom is.1 Allereerst is het microbioom net zo uniek als een vingerafdruk. Een onderzoek dat ruim 2000 darmmonsters omvatte, stelde bijvoorbeeld vast dat ruim de helft van alle geïdentificeerde microbiële genen volstrekt uniek was en in slechts één monster werd gevonden.2 Dit bleek bij vrijwel alle deelnemers voor te komen. Met andere woorden: iedere deelnemer had een individuele samenstelling van het microbioom, waarin bij vrijwel iedereen volstrekt unieke stammen voorkwamen. Als de samenstelling per persoon verschilt, is het natuurlijk lastig om dé gezonde samenstelling vast te stellen.

In het voorgenoemde onderzoek werden de unieke bacteriële genen vooral gevonden bij bacteriesoorten die in lage aantallen voorkomen en het is denkbaar dat er wel een bepaalde kernsamenstelling is van bacteriesoorten die ieder gezond persoon heeft. Maar ook dat is niet noodzakelijkerwijs waar. Neem bijvoorbeeld één van de meest bekende bacteriesoorten, Akkermansia muciniphila. Deze bacteriesoort heeft een unieke functie in het microbioom die niet door andere bacteriën kan worden vervuld en kan daarom als kernsoort worden gezien. Het is bovendien bekend dat lage relatieve hoeveelheid van deze bacteriesoort geassocieerd is met metabole en ontstekingsziekten.3 Alleen is ook bekend dat ongeveer een kwart van de Europeanen en circa de helft van de Chinezen deze bacteriesoort niet heeft, terwijl niet ieder individu zonder A. muciniphila ongezond is.3 De voorgenoemde associatie met ziekte is dan ook gebaseerd op groepsgemiddelden. Dit is een tweede belangrijke reden dat er geen gezond microbioom gedefinieerd kan worden: het is maar de vraag of groepsgemiddelden een goed beeld geven van welke microbioomsamenstelling gezond of ongezond is.

Lees het gehele artikel vanaf pagina 30 in OrthoFyto 4/23.

Wilt u het gehele artikel als PDF bestand ontvangen? Bestel het dan hier voor € 3,50.

Bronvermelding:
1. Shanahan F, Ghosh TS, O’Toole PW. The Healthy Microbiome—What Is the Definition of a Healthy Gut Microbiome? Gastroenterology. 2021 Jan;160(2):483–94.
2. Tierney BT, Yang Z, Luber JM, Beaudin M, Wibowo MC, Baek C, et al. The Landscape of Genetic Content in the Gut and Oral Human Microbiome. Cell Host Microbe. 2019 Aug 14;26(2):283-295.e8.
3. Geerlings SY, Kostopoulos I, de Vos WM, Belzer C. Akkermansia muciniphila in the Human Gastrointestinal Tract: When, Where, and How? Microorganisms. 2018 Jul 23;6(3).
4. Kravitz RL, Duan NH, Braslow J. Evidence-based medicine, heterogeneity of treatment effects, and the trouble with averages. Milbank Q. 2004;82(4):661–87.
5. Kelley JM, Kaptchuk TJ. Group analysis versus individual response: The inferential limits of randomized controlled trials. Contemp Clin Trials. 2010 Sep;31(5):423–8.
6. Rew L, Harris M, Goldie J. The ketogenic diet: its impact on human gut microbiota and potential consequent health outcomes: a systematic literature review. Gastroenterol Hepatol Bed Bench. 2022 Oct 2 [cited 2023 Jun 3];15(4).
7. McBurney MI, Davis C, Fraser CM, Schneeman BO, Huttenhower C, Verbeke K, et al. Establishing What Constitutes a Healthy Human Gut Microbiome: State of the Science, Regulatory Considerations, and Future Directions. J Nutr. 2019 Nov 1;149(11):1882–95.
8. Gacesa R, Kurilshikov A, Vich Vila A, Sinha T, Klaassen M a. Y, Bolte LA, et al. Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population. Nature. 2022 Apr;604(7907):732–9.
9. Inkpen SA. Health, ecology and the microbiome. eLife. 8:e47626.
10. McDonald JE, Marchesi JR, Koskella B. Application of ecological and evolutionary theory to microbiome community dynamics across systems. Proc R Soc B Biol Sci. 2020 Dec 23;287(1941):20202886.
11. Heintz-Buschart A, Wilmes P. Human Gut Microbiome: Function Matters. Trends Microbiol. 2018 Jul;26(7):563–74.
12. Valles-Colomer M, Blanco-Míguez A, Manghi P, Asnicar F, Dubois L, Golzato D, et al. The person-to-person transmission landscape of the gut and oral microbiomes. Nature. 2023 Feb;614(7946):125–35.
13. Antwis RE, Harrison XA, Cox MJ, editors. Microbiomes of soils, plants and animals: an integrated approach. 1st ed. New York, NY: Cambridge University Press; 2020. (Ecological reviews). ISBN 9781108462488
14. Álvarez J, Fernández Real JM, Guarner F, Gueimonde M, Rodríguez JM, Saenz de Pipaon M, et al. Gut microbes and health. Gastroenterol Hepatol Engl Ed. 2021 Aug 1;44(7):519–35.
15. Segura Munoz RR, Mantz S, Martínez I, Li F, Schmaltz RJ, Pudlo NA, et al. Experimental evaluation of ecological principles to understand and modulate the outcome of bacterial strain competition in gut microbiomes. ISME J. 2022 Jun;16(6):1594–604.